appleseed

• Primärstrukturen - anger vilka aminosyror som ingår i proteinet och i vilken ordning de sitter. (N och C terminaler) när man skriver sekvenser börjar man ALLTID med den aminosyra som har en fri aminogrupp (N) och slutar med den aminosyra som har en fri karboxylgrupp (C).

• Sekundärstrukturen - små lokala 3D mönster som förekommer i flera proteiner exempelvis α-helix (alfa-helix) och β-struktur (beta-struktur) som hålls ihop av vätebindningar. (När H binder N, O eller F)

• Tertriärstrukturen - 3D strukturen hos en polypeptidkedja, det vill säga hur alfa-helixar, beta-strukturer och områden utan speciell sekundärstruktur sitter i rymden. De kan hållas ihop av vätebindningar, elektrostatiska interaktioner, hydrofoba interaktioner (hydrofoba/opolära vill gärna vara i närheten av varandra) eller kovalenta disulfidbryggor (Cys-SH HS-Cys → Cys-S-S-Cys)

• Kvartärstrukturen - Om proteinet består av mer än en polypedtidkedja anger kvartärstrukturen hur dessa sitter i rymden i förhållande till varandra.

Denaturering: Om alla strukturnivåer utom primärstrukturen förstörs kommer proteinet att förlora sin funktion. Detta kan exempelvis ske genom värme, kraftiga pH-förändringar och vissa salter kan öka jonstyrkan så att proteinerna denatureras.

En av proteinernas viktigaste funktioner är KATALYS och de proteriner som katalyserar kallas ENZYMER.

Enzym:

• Katalytiskt aktivt protein

• Möjliggör många reaktioner som utanför cellen sker ytterst långsamt. Varje enzym kräver olika betingelser (pH/temperatur) för att fungera optimalt.

Effekten hos enzymerna varierar

• Kolsyra hydras

• Succinatdehydrogenas

Varför går det fortare i närvaro av ett enzym? Jo enzymer sänker aktiveringsenergin, så det krävs mindre energi för reaktionen. Detta beror på att enzymerna håller reaktanterna nära varandra och rätt orienterade.

Reaktionsformel: (E+S ↔ ES → E+P) 



Enzymer är specifika. Det betyder att de bara jobbar på en typ av substrat eller en grupp av liknande substrat.

Exempel: succinat dehydrogenas som bara verkar på succinat, eller alkohol dehydrogenas som verkar på vissa alkoholer.

Selektiviteten baseras på utseendet av enzymets aktiva yta. (Substratet passar in på enzymets yta likt en pusselbit)

Serinproteaser - enzymer som bryter peptidbindningar.

Enzymer kan blokeras av hämmare, inhibitorer, som gör att enzymet inte längre fungerar.

Enzymnamn: De flesta slutar på -as med undantag för trypsin och kymotrypsin då dessa namngavs för så länge sedan, innan detta gällde. När man namnger ett enzym börjar man med substratet de verkar på och avslutar med typen av reaktion de katalyserar. Exempel: AcetylCoAkarboxylas - substrat & addition av karboxylgrupp.

Kofaktorer - Ibland behövs andra kemiska grupper för ett proteins funktion (ej uppbyggda av aminosyror)

Det finns två grupper:

• Ko enzymer - sitter löst associerade till polypeptidkedjan. Exempelvis i metabolismen behövs oxidationsmedlen NAD+ och FAD.

• Prostetisk grupp - sitter hårdare bundna till polypeptidkedjan. Exempelvis hemoglobin som behöver en hem.grupp för O2-transport.